El registro fósil es, en su mayoría, incompleto, lo que complica la tarea de comprender cómo ha evolucionado la vida en la Tierra, tanto del pasado como en el presente. Paleontólogos como James Napoli y Tom Holtz resaltan que definir una especie puede ser nebuloso debido a las diferentes interpretaciones existentes de los fósiles encontrados hasta la fecha.
Para complicar aún más las cosas, desde coloreado o tejido blando hasta comportamiento y material genético, hubo mucho por lo que considerar a la hora de segmentar especies prehistóricas, lo cual hace la tarea de identificar qué especies dejaron huesos reconocibles más difícil de lo que parece. La falta de acuerdos y el método de trabajo sobre fósiles no tan completos ha derivado en un debate académico mediante el cual se discute si ciertas especies prehistóricas bien conocidas, como el Tyrannosaurus rex, realmente corresponden a una sola especie o requieren ser subdivididas.
Esta controversia se acentúa con descubrimientos alrededor del mundo, algunos realizados por científicos como Erin Saupe, quien sostiene que solo unos pocos organismos logran fosilizarse adecuadamente. De ahí que las especies cripticas, como las detectadas en jirafas o cocodrilos modernos gracias a la genética poblacional, hayan incrementado la diversidad potencial en la paleontología.
A pesar de tener registros como los de Montana y Dakota, obtener un panorama claro sobre cómo estaban relacionados los animales es complicado debido a la escasa anatomía genética disponible. Esto obliga a los paleontólogos a confiar en diferencias anatómicas, lo que a menudo puede resultar engañoso al no estar claro si dos muestras pertenecen a especies diferentes o son, de hecho, etapas de crecimiento de la misma.
Emma Dunne comenta que estos desafíos entorpecen la capacidad de conectar las estimaciones de diversidad de especies pasadas con las contemporáneas, ya que los paleontólogos poseen un número limitado de especies fósiles con las que trabajar. Para solventar la dificultad de contabilizar los fósiles, algunos investigadores proponen un enfoque estadístico centrado en formas más comunes como se evalúa actualmente en insectos o plantas.
Los paleontólogos se esfuerzan en compensar las carencias del registro fósil utilizando métodos estadísticos que permiten el análisis del cambio en la diversidad biológica incluso si no se poseen datos precisos. Sin embargo, existe escepticismo sobre las cifras extrapoladas desde estos métodos porque, en muchos lugares, no existen fósiles que respalden las proyecciones numéricas realizadas.
Como bien comenta la paleontóloga Nussaïbah Rajah, “no debemos comparar directamente el registro fósil con el mundo moderno” ya que el contexto de los eventos del pasado y la rápida biodiversidad actual estarían arbitrariamente reduciendo tasas bajo esos valores. Reconociendo estas limitaciones, los expertos instan a seguir explorando mediante tecnologías nuevas, que podrían desenterrar secretos ocultos en los fósiles, brindando una perspectiva más clara sobre cómo los tiempos pasados se conectan con el presente dinámico.